質譜儀的體積可能比一枚硬幣小,也可能大到足以填滿非常大的房間。儘管有各種不同的儀器類型適用於眾多不同的應用,但這些機器類型的某些運作原理仍是相同的。現在量測單位統稱道爾頓(Da),不再使用其他單位,例如原子質量單位(amu)。1 Da =碳12 (12C)同位素單一原子質量的1/12。
過去人們認定質譜儀不能進行嚴謹的定量,因此嚴格限制質譜儀只能是定性裝置(用於鑑定化合物的輔助裝置)。不過,近期事實證明質譜儀是兼具定性和定量功能的儀器。
質譜儀可以量測分子的質量,但是必須先將分子轉換成氣相離子才行。因此,質譜儀會傳遞一個電荷給分子,產生帶電離子通量後,再將離子通量轉換成符合一定比例的電流,由數據系統讀取。數據系統會將電流轉換成數位資訊,製作出質譜圖。
要產生離子,可以依據目標分析物從數種方式中選擇適合的方式:
接下來會按照離子的質荷比(m/z)分離、偵測和量測離子。此時會繪製與m/z相對的離子流(訊號),製作出質譜圖。小分子通常只帶一個電荷,因此m/z是質量(m)除以1。「1」是游離過程中加入的質子[表示為M+H+,若形成方式是損失一個質子,則是M-H-],若離子的形成方式是損失一個電子,則以自由基陽離子[M+.]表示。質譜儀的準確度或量測實際質量的效能優劣未必相同,本入門讀物稍後的章節會加以討論。
大分子結構中會有一個以上的位置捕獲電荷。小胜肽通常可能會有兩個電荷(M+2H+),而非常大的分子可能會有多個位點,可以運用單純演算法推問出質譜圖中呈現的離子質量。
脫附方法(以本入門讀物的說明為準)延伸了分析非揮發性不穩定大分子的能力。在準確度0.01%的範圍內(或4 Da以內)例行偵測40,000道爾頓,能夠鑑定諸如轉譯後修飾之類的細微變化。多電荷態會延伸質譜儀的範圍,使其遠超出原本設計的上限而納入1,000,000 Da甚至更多的質量。
自然同位素豐度的表徵分析相當充分。儘管我們通常認為同位素相當穩定,但它們仍然能顯示出顯著且特徵性的變化。同位素比量測用於代謝研究(以富含同位素的元素做為示蹤劑),也用於會量測溫度造成氧氣和碳變化的氣候研究。就實務而言,這種量測會先將複雜分子碎成簡單的分子成分,再運用準確度相當高的功能進行量測,例如扇形磁場儀器所能發揮的功能(請見下節)。
元素分析通常以無機物原料為標的,目標是鑑定元素成分,而非結構,有時候會使用固態金屬樣品。放電(或是功率較低的輝光放電)裝置游離樣品時,常用感應耦合電漿(ICP)源。使用專用儀器進行兆分之一濃度偵測非常普遍。