Se han desarrollado técnicas de ionización para ayudar a la identificación de biomoléculas en lugar de reducir agresivamente la molécula a componentes. Hay dos procesos de “deposición de energía”, la disociación por captura de electrones [R.A. Zubarev, Electron-capture dissociation tandem mass spectrometry, Curr. Opin. Biotechnol 15 (2004), pp. 12-16] y la disociación por transferencia de electrones (ETD) [J.J. Coon, J. Shabanowitz, D.F. Hunt and J.E. Syka, Electron transfer dissociation of peptide anions, J. Am. Soc. Mass Spectrom 16 (2005), pp. 880-882] que son reconocidos comúnmente en el análisis biomolecular y la proteómica. Ambos enlaces escinden adyacentes a los sitios de captura de electrones y, a diferencia de otros procesos de fragmentación, como la disociación inducida por colisión (CID), los enlaces escindidos no son los más lábiles dentro de la molécula. Las escisiones observadas dependen menos de la secuencia del péptido, por lo que las escisiones entre la mayoría de los aminoácidos del esqueleto del péptido tienden a ser independientes del tamaño de la molécula. La fragmentación dominante en ECD y ETD de los péptidos es la formación de iones c y z. Se ha demostrado que la ECD es útil para el análisis de modificaciones postranslacionales lábiles, como la fosforilación y la O-glicosilación, y para el análisis de fragmentación de proteínas intactas.
Se ha demostrado que la espectrometría de masas con ionización por electrospray (ESI) es más útil para dilucidar los detalles estructurales de las proteínas en solución cuando se combina con el análisis de intercambio de deuterio/hidrógeno (D/H) de amida. Las distribuciones del estado de carga y las envolturas de las cargas que ESI forma en las proteínas pueden proporcionar información sobre las conformaciones en solución de proteínas más grandes con cantidades más pequeñas de muestra que no se realizan fácilmente utilizando otras técnicas como el dicroísmo circular cercano al ultravioleta (CD) y la fluorescencia del triptófano (sin embargo, se utiliza habitualmente junto con estas técnicas y otras como la resonancia magnética nuclear).Las otras técnicas miden las propiedades promedio de grandes poblaciones de proteínas en solución, por lo que una ventaja adicional observada con la MS es su capacidad para proporcionar detalles estructurales sobre intermedios transitorios o de plegamiento.
