No se requieren espectros de masas completos cuando ya se conoce un compuesto, como en el caso de los ensayos clínicos en los que se recopilan datos estadísticos de muchas muestras individuales y el fármaco administrado y su metabolito de interés ya están bien caracterizados. Sin embargo, se requiere una sensibilidad muy buena en una mezcla fisiológica compleja, por lo que el instrumento está configurado para monitorizar solo valores m/z específicos. (Consulte la comparación de la respuesta SIR y MRM, descrito anteriormente en este manual).
Debido a que los iones fluyen continuamente a través del cuadrupolo triple o en tándem, no es necesario limitar la corriente de iones en el analizador de masas. Por otro lado, la captura de iones tiene un volumen finito definido y, por lo tanto, necesita una función para evitar que entren demasiados iones en la captura. Si no se controla la intensidad de los iones, se generan picos no deseados o inesperados en un espectro, un fenómeno particularmente problemático cuando se intenta hacer una búsqueda en la biblioteca de espectros EI en GC-MS. El diseño de las capturas de iones ha cambiado sustancialmente para permitir la ionización externa (iones creados fuera del filtro de masa con la posterior inyección de iones en la captura) en lugar de la ionización interna (ionización dentro del filtro de masa). El cambio de diseño abordó el problema de las reacciones de las moléculas de iones en la captura, pero también introdujo una limitación. Incluso en el modo MRM, este control automático de la corriente total de iones puede dar lugar a intervalos de muestreo irregulares en un pico cromatográfico. Por lo tanto, en última instancia, la captura de iones está limitada como herramienta para el análisis de trazas en matrices complejas, particularmente cuando se requiere la mayor exactitud y precisión, como es el caso, para datos que deben ser legalmente defendibles o cuyos estrictos criterios de exactitud y precisión de la cuantificación están dictados por la legislación.
Se suele utilizar un patrón interno al realizar la cuantificación de MS. El patrón proporciona controles sobre la variabilidad en los procesos de extracción, inyección de LC e ionización. Sin un patrón interno, las RSD entre réplicas pueden ser diez veces más altas que las réplicas referenciadas a un patrón que normalmente produce RSD en cifras bajas de un solo dígito. El mejor patrón interno es una versión marcada isotópicamente de la molécula de interés. Aunque sintetizar una molécula de este tipo resulta caro, presentará una recuperación de extracción, un tiempo de retención cromatográfico y una respuesta de ionización similares en el espectrómetro de masas.
