Dissociation par transfert d’électrons (ETD)
Analyse des modifications post-traductionnelles et séquençage descendant des biomolécules
Développée spécifiquement pour maximiser la fiabilité, la flexibilité et la facilité d’utilisation, la mise à niveau de la fonctionnalité ETD (dissociation par transfert d’électrons), exclusivement destinée à l’ionisation par électrospray, offre une plateforme puissante pour le séquençage et l’analyse structurale de peptides et de protéines.
En complément de la dissociation induite par collision, ou CID, l’ETD s’est avérée particulièrement utile pour la détermination spécifique de sites de modifications post-traductionnelles (PTM) labiles au niveau des peptides et des protéines. L’ETD est une technique de fragmentation radicalaire qui provoque le clivage de la liaison peptidique N-Cα pour donner les ions produits c et z● du peptide (cf. b et y” avec la CID), ce qui permet de localiser avec précision les sites de phosphorylation. Les peptides/protéines sont dissociés par transfert d’électrons d’un anion chimique donneur à des cations chargés positivement, ce qui entraîne un processus de fragmentation intrinsèquement similaire à la dissociation par capture d’électrons (ECD).
Dissociation par transfert d’électrons (ETD)
Vue d’ensemble
- Hautes performances - Les données de masse exacte haute résolution, alliées à des réactions ultra efficaces, produisent des résultats de séquençage de la plus haute qualité.
- Flexibilité - Utilisation d’une gamme complète de réactifs très efficaces et combinaison des séparations en mobilité ionique (IMS) à l’ETD pour les études fondamentales poussées. Technologie compatible avec les sources d’ionisation par électrospray conventionnelles et NanoFlow.
- Simplicité d’emploi et d’entretien - Introduction stable et facile et remplissage rapide du réactif ETD grâce à la simplicité de la source à décharge luminescente ETD.
Fonctionnement de la source ETD
La source ESI comprend une source d’anions réactifs à décharge luminescente à pression intermédiaire rapide et efficace. Pendant l’expérience ETD, des cations et des anions sont générés séquentiellement. La polarité de la source d’ionisation et la masse définie du quadripôle sont modifiées pour produire des cations précurseurs multichargés suivis d’anions radicalaires de réactif monochargés (généralement à partir de 1,4-dicyanobenzène [m/z 128]) dans le guide d’ions T-Wave Trap, où ils interagissent pour former des ions produits ETD.
Les anions du réactif constitués dans une source à décharge luminescente sont piégés dans le guide d’ions T-Wave Trap du dispositif TriWave de l’instrument, où ils subissent une rapide réaction de transfert d’électrons avec les ions de l’analyte. Les ions peptidiques multichargés sont fragmentés par ETD pour donner principalement des ions fragments c et z.
La formation et le piégeage des anions du réactif constituent un processus distinct de la formation et de la réaction des ions de l’échantillon. Lorsqu’il fonctionne en mode ETD, l’instrument passe en alternance entre un mode de décharge luminescente qui remplit efficacement le guide d’ions T-Wave Trap d’anions et un mode ESI qui ionise l’échantillon et le fait réagir avec les anions du réactif ETD.
Pendant l’acquisition, le guide d’ions T-Wave TRAP sert exclusivement au mode ETD. Le guide d’ions T-Wave TRANSFER reste disponible pour la CID. Il est ainsi possible d’acquérir simultanément des données ETD et CID au cours d’une même expérience.
Compatibilité de l’instrument
La mise à niveau de la fonctionnalité de dissociation par transfert d’électrons (ETD) est disponible pour les instruments suivants :
- (MALDI) SYNAPT G2 MS, (MALDI) SYNAPT G2 HDMS
- (MALDI) SYNAPT G2-S MS, (MALDI) SYNAPT G2-S HDMS
- (MALDI) SYNAPT G2-Si MS, (MALDI) SYNAPT G2-Si HDMS
Deux produits de mise à niveau différents sont disponibles pour chaque type d’instrument SYNAPT, à l’exception du SYNAPT G2-Si, afin d’adapter les instruments qui ne sont pas encore compatibles avec l’ETD. Les instruments compatibles ETD se reconnaissent au préfixe de leur numéro de série. Tous les instruments SYNAPT G2-Si sont compatibles ETD.
Les premiers instruments MALDI de la série SYNAPT G2 peuvent également nécessiter un adaptateur de source MALDI compatible ETD.
Matériel et installation
La mise à niveau pour la dissociation par transfert d’électrons (ETD) comprend les éléments suivants :
- Source d’ionisation à décharge luminescente ETD et aiguille de décharge.
- Couvercle de réservoir d’échantillon de réactif, matériel de traitement des gaz et vannes.
- Bloc de circuit imprimé de rechange pour la source, alimentations T-Wave TRAP et TRANSFER, guides de fils ETD et logiciel supplémentaire. (Premiers instruments SYNAPT G2)
- Bloc de circuit imprimé de rechange pour la source et logiciel supplémentaire (premiers instruments SYNAPT G2-S)
- Manuels d’utilisation et produits chimiques d’essai.
L’installation, la confirmation des performances et la formation au fonctionnement doivent être réalisées par un ingénieur Service Clients de Waters.
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