Progenesis QI for Proteomics
サンプル中で変化しているタンパク質を発見
Progenesis QI for Proteomics を使用して、ラベルフリー分析のメリットを活かし、複雑なサンプル中のタンパク質の定量および同定を行います。分かりやすい視覚的ガイド付きのワークフローを搭載したウォーターズの Progenesis QI for Proteomics は、Nonlinear Dynamics と組み合わせて、多群実験デザインを用いて単独のサンプルや分画済みサンプルから、対象のタンパク質を素早く、客観的に、高い信頼度で探索することができます。
Progenesis QI for Proteomics では、従来のデータ依存的測定（DDA）に加えて、ウォーターズの MSE および HDMSE データ非依存的測定（DIA）データ分析もサポートしています。このソフトウェアの独自の特徴として、イオンモビリティー分離による異なる次元の分解能により、同定および定量の正確性と精度が向上していることが挙げられます。Progenesis QI for Proteomics は装置プラットフォームに依存せず、.mzML や .mzXML などの汎用的な形式に対応しています。<
Progenesis QI for Proteomics
概要
- 品質管理（QC）指標で LC-MS データの質を評価
- ペプチドイオンの共検出のためのウォーターズ独自のアプローチを用いて、正確で精密な定量に不可欠となる、すべての分析にわたる一貫したピークピッキングを達成
- 分析内で比較できるグループ、サンプル、実験デザインの数に制限のない 1D-LC および 2D-LC を使用
- 完全なデータマトリックス、および欠測値がないことで、信頼性の高い多変量統計を実現
- 共通の検索エンジンを使用してデータベースを検索することで、ペプチドとペプチドイオンの両方のイオン定量データから得られた同定を自動的に統合
- 完全なイオンモビリティー対応により、3 次元分解能を達成
- 強力なデータ可視化、および DDA や SONAR 取り込みモードなどのデータ非依存的測定（DIA）のガイド付きワークフローにより作業を円滑化
- ディスカバリーの生物学的理解を促し、パスウェイ解析ツールに簡単にエクスポート
推奨用途：ラベルフリー分析を用いて、複雑なサンプル中の対象タンパク質を定量および同定する。
機能ヘッダー
ラベルフリー分析により、より多くの結果を取得
ラベルフリー LC‑MS 分析では、ラベル化手法と比較して、以下のような幅広いメリットが得られます。
- タンパク質注入量の低減
- ラベル化試薬のコストが不要に
- 分画およびサンプル処理の低減
- タンパク質あたりのシーケンスカバー率の増加
- 全体的なプロテオームカバー率の増加
- 1 回の実験でより多くの条件での比較が可能
データを犠牲にすることなく、分析の統計的検出力を維持
Progenesis QI for Proteomics で採用されている「定量して同定」アプローチにより、各サンプルのピークを自動的にアライメントし、完全なサンプルセット中のすべてのペプチドを含む in-silico 統合マップの作成が可能になりました。この統合マップを用いて、全サンプルのピークを一貫して検出し、定量するとともに、サンプルや繰り返し注入の数に関係なく、欠測値のないデータマトリックスを作成できます。これにより、潜在的に重要なデータを犠牲にしたり、データを補完したりすることなく、分析の統計的検出力を維持することができます。
QC 指標で LC-MS データの質を評価
QC 指標ツールは、最適でない LC MS データの分析に貴重な時間が浪費されるのを防ぎ、LC のピーク幅やピークのダイナミックレンジ、プリカーサーイオンの質量誤差、切れ残り数、タンパク質あたりのペプチド数などといった情報を組み入れることを目的に設計されています。また、これらの QC 指標ツールは、プロセスの最適化やトラブルシューティングのガイドとしても機能します。
固有のペプチドとイオン存在量に基づく信頼性の高い定量
Progenesis QI for Proteomics は、イオン存在量に基づいてペプチドを定量し、添加した内部標準とユーザーが選択できる「HiN」指標を用いて絶対存在量を推定する機能を提供します。
また、Progenesis QI for Proteomics は、検索結果からのペプチドイオンの定量と同定を自動的に組み合わせ、必要に応じて、固有のペプチドのみに基づくタンパク質の定量を行うことも可能です。
多様なデータベース検索エンジンを利用したタンパク質の同定
Progenesis QI for Proteomics にはユーザーが選択した多様な検索エンジンを利用して DIA と DDA の両方のデータ検索に使用できる柔軟性があります。複数の検索から得たデータを 1 つの実験に統合することもできます。さらに、必要に応じて、ウォーターズの MSE、HDMSE、DDA、HD-DDA データの解析に役立つ ProteinLynx Global Server（PLGS）ソフトウェアの提供も可能です。
ガイド付きのデータ解析ワークフロー
Progenesis QI for Proteomics のガイド付きワークフローにより、ソフトウェアの実験手順をスムーズに進めることができます。必要に応じて、自動化ルーチンを使用することにより、さまざまなステージをシームレスに実行し、夜間や週末に操作なしデータ解析を行う機会を最大限に利用できます。
- データのインポート
- 自動レファレンス分析の選択およびピークアラインメント
- ピークピッキングおよび正規化の自動化
- タンパク質の自動定量
- タンパク質のデータベース検索
パスウェイ解析でタンパク質の差異を把握
実験中にタンパク質の違いをどのように把握していますか。その 1 つの選択肢がパスウェイ解析の利用です。これにより、どの生物学的パスウェイがデータに関連しているかを判定でき、生物学的意味づけに役立つ次のレベルの情報が得られます。より効率的な手法として、Progenesis QI for proteomics の使用が挙げられます。エクスポートツールを利用して、サードパーティー製のパスウェイ解析プログラムと簡単かつ迅速に接続し、実験におけるタンパク質の差異を効率的に特定できます。
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