定量及定性蛋白質體學之研究平台

ProteinLynx Global SERVER™ (PLGS) 為供定性及定量蛋白質體學研究使用之完整整合的 Mass-Informatics™ 平台，為Waters蛋白質體學系統之中央分析平台。

PLGS 可於正確的質量測定數據之選擇性及 MS^E 分析特異性間權衡取捨。結合了智慧型篩選及例行式記分，可將假陽性結果發生的可能性降至最低。

PLGS 係根據開放／可插式的系統結構，為您提供高通量數據處理及數據解析的放大、自動化工作流程。PLGS還包括專案及資料庫管理工具，並具備已整合結果的視覺化及報告工具。

透過XML（由mzData支援）將樣品資訊及資料輸入PLGS內，可提供已整合PLGS工具集之LIMS或資料管理系統，如Waters NuGenesis SDMS。PLGS自訂的報告產生功用，也可供您製作可隨時列印的結果報告書。

Identity^E 讓您對蛋白質的辨識更具信心
PLGS 的特色為廣泛的胜肽離子會計資訊學，可深入取得您無標籤的 UPLC/MS^E 數據資料。相較於傳統的LC/MS/MS方法，具有更大的序列涵蓋面及統計精確性，可辨識更多胜肽／蛋白質。

供無標籤定量作業之 Expression^E
PLGS 具有以XML為基礎的資訊學特色，可用於支援完整的資料處理以及您整合之標定資料的定性及定量結果報告，連同可能的標記辨視，並可輸出至資料視覺化平台。

Multi-threaded 之資料處理
ProteinLynx Global SERVER™ (PLGS) 中的MaxEnt™ 方法，可將多種同位素及帶電數換算成單一同位數的胜肽峰值，讓您可從原始資料中徹底發揮靈敏度及資訊內容。

量化蛋白質及胜肽以進行生物標記物之發現
使用Waters蛋白質表達系統，並以蛋白質或胜肽之標定進行LC/MS定量作業，非常適合於需要高再現性及精準度的大型研究使用。同步LC/MSE 資料擷取亦提供蛋白質親本之辨識，並具有100%的胜肽偵測效率。

辨識蛋白質及修飾 (Multi-threaded)
整合的ProteinLynx™ 及MASCOT^® 資料庫搜尋係為以Waters飛行時間質譜儀取得正確質量的MS及MS/MS數據資料，徹底提升蛋白質辨識之數量及信心的選擇方法。Waters的AutoMod方法可提供快速篩選，將所辨識的dB蛋白質涵蓋面發揮至最大。AutoMod整合於PLGS及MASCOT dB搜尋能力內。

新胜肽序列及異體同型搜尋 (Multi-threaded)
為辨識並描述不在蛋白質資料庫內的胜肽特性，MassSeq™ 的例行式利用正確MS/MS數據資料所賦予之特異性，產生最有可能的新胜肽序列。

自動化
按順序排列的工作流程管理器設定，讓您可將多種方法相連結，並透過資料處理、資料搜尋、修改分析及重新定序、BLAST異體同型搜尋及結果報告等，提供完整的分析。

專案管理及數據資料交換
PLGS包括專案管理結構，且可從2D PAGE、1DLC 或2DLC工作流程中，完全支援MALDI TOF MS、MALDI TOF PSD、MALDI/MS/MS、ESI/MS 及ESI/MS/MS數據資料。

資料庫管理可管理您公司內部資料庫，並從網站或內部伺服器自動上傳新的版本。

可插接架構及多種檔案格式（XML、mzData、pkl、txt 等），以便整合其他軟體套件或LIMS，因此可讓您的結果連結正交實驗數據資料。所有的工具、樣品、數據及結果，均可透過單一、整合的瀏覽器進行存取。

MASCOT 為Matrix Science之商標。

Since the introduction of ProteinLynx Global SERVER 2.0, a number of versions of the platform have been released, providing new and improved tools and features to improve the quality and accessibility to qualitative and quantitative results. An upgrade to version 2.3 includes all the listed features.

PLGS 2.2.5

• Protein Quantification
• Label-free quantification
• Quantification with isotopic and isobaric labeling
• Data visualization tools
• Qualitative Identification Capabilities
• Data-independent protein identification
• Improved Data Directed Analysis (DDA™)
• Increased productivity
• Enhanced Data Interchange
• Two search engines in one browser
• Two-way 2D gel integration
• Submit your data for publication

PLGS 2.2

• Graphical report generation
• Customizable reports or choose from pre-selected templates
• Integration with MASCOT
• Query two search engines simultaneously
• Compare results side-by-side in a single window
• PSD MX™ support
• Search MALDI micro MX™ data acquired using Waters’ patented multiplexed PSD method
• Remote data processing
• Frees up your acquisition PC

PLGS 2.1.5

• Improved file system performance
• Faster and safer data handling in support of multi-sample projects and large file sizes
• Enhanced support of Q-Tof Ultima^® MALDI and MALDI Q-Tof Premier™ data files
• Search MS and MS/MS data in a single operation
• Enabled 2D-LC experiments
• Merge database search results from discrete data files

PLGS 2.1

• Implementation of Waters Protein Expression System Informatics
• Introduction of Waters’ proprietary non-labelled protein quantification system, featuring patented MS^E data acquisition
• Activation requires Protein Expression System license