使用分子造影由MALDI質譜直接分析組織部分，此為研究直接來自生物基質之大小分子空間分布的有力程序。

以二維影像作為質量譜圖的資料影像描述，使分子的空間分布可在視覺上直接視判定。有別於耗時且昂貴的傳統空間分析方法，諸如自動射線照相術及閃爍計數、放射標記，均不需要。

• MALDI SYNAPT™ HDMS™系統造影能力可提供小分子、藥物及其代謝物之最佳特異性與靈敏度。
• MALDI Q-Tof Premier™質譜儀使用200Hz可提供快速資料擷取之固態雷射，可擷取質量、強度及位置資訊。

擷取的資料可輸入至各種適合的軟體套件內，如BioMap (Novartis)，以進行影像之生成及操控。

以MALDI為基礎的組織造影可提供互補方法，以建立造影技術（如全身放射線照相術）； 無須標定所感興趣之化合物，且可同時監控多種化合物。

傳統的MALDI造影

傳統的MALDI MS之造影限制為在質譜分析之前缺乏分離步驟，由於組織樣品的複雜性，此將產生同重離子使離子分布扭曲的主要風險，而無法驗證其結果。

使用MALDI HDMS之高解析度造影

MALDI SYNAPT^TM HDMS^TM系統所提供的額外分離維度可用於產生沒有來自類似質量之背景離子的干擾之影像，使藥物或所感興趣之代謝物的局部影像更精確。使用離子移動性(IMS)進行質量分析前之離子分離。
以下影像顯示整個腎臟部分選擇離子分布情況（請參閱在Application Note頁面標籤下「MALDI 造影質譜分析之進展 -，加入新的分離維度供組織直接分析之用）。使用HDMS可藉由移除質量402.07 Da在基質之干擾離子分布的幫助，的可明確地提供質量402.01Da內源代謝物真正的組織空間分布。

m/z 402.01 離子影像，無離子移動分離。

m/z 402.01（所感興趣之離子）的離子影像，含離子移動分離。總合離子移動範圍2.7ms至3.3ms時，其離子影像有顯著較低的背景雜訊量。
 

m/z 402.07（干擾背景離子）的離子影像，含離子移動分離，含選取的漂移時間3.4至4.1ms。