使用离子对试剂(如TFA和甲酸)的反相色谱可以在复杂多肽混合物(例如胰蛋白酶蛋白质酶解物或长链合成肽序列,这些肽的序列差异可能仅仅在于个别氨基酸)的分析中实现高效分离。通常,肽的疏水性决定了洗脱顺序,疏水性最小的肽将首先洗脱出来。
颗粒组成(硅胶vs杂化颗粒)、孔径(130A vs 300A)、键合相密度以及分离条件(例如梯度持续时间、分离温度、流速)等等对于实现满足应用要求的分离而言都是极其重要的因素。
与其它生物分离一样,在要求极为严苛的应用中,相较于基于HPLC的色谱柱,使用粒径更小的UPLC/UHPLC色谱柱可以在更短的时间内实现优异的组分分离度。