Progenesis QI para proteómica
Descubra las proteínas que cambian en sus muestras
Cuantifique e identifique proteínas en sus muestras complejas con el uso de las ventajas del análisis label-free con Progenesis QI para proteómica. El software Progenesis QI para proteómica de Waters y Nonlinear Dynamics, compatible con un flujo de trabajo guiado sumamente visual, le permite descubrir, de forma rápida, objetiva y fiable, las proteínas de interés en muestras individuales o fraccionadas, así como utilizar diseños experimentales multigrupo.
Junto con el análisis dependiente de datos (DDA) convencional, Progenesis QI para proteómica también es compatible con el análisis de datos de adquisición independiente de datos (DIA) de MSE y HDMSE de Waters. De forma exclusiva, el software también aprovecha la dimensión adicional de resolución que ofrecen las separaciones por movilidad iónica para mejorar la exactitud y la precisión de la identificación y cuantificación. Progenesis QI para proteómica no depende de la plataforma del instrumento, y admite formatos universales como .mzML y .mzXML.
Progenesis QI para proteómica
Descripción general
- Evalúe la calidad de los datos LC-MS con métricas de control de calidad (QC)
- Logre una selección de picos uniforme en todos los análisis, lo que es vital para una cuantificación exacta y precisa, utilizando nuestro exclusivo enfoque para la codetección de iones de péptidos
- Utilice LC 1D y 2D sin restricciones en el número de grupos, muestras y diseños experimentales que puede comparar con su análisis
- Logre estadísticas multivariables fiables con una matriz de datos completa y sin que falten valores
- Consulte bases de datos utilizando motores de búsqueda comunes para combinar automáticamente las identificaciones de los datos de cuantificación de péptidos y de iones de péptidos
- Logre tres dimensiones de resolución con total compatibilidad con la movilidad iónica
- Trabaje con una potente visualización de datos y un flujo de trabajo guiado para análisis de DDA y de adquisición independiente de datos (DIA), incluido el modo de adquisición SONAR.
- Contribuya a la compresión biológica de los descubrimientos con una fácil exportación a herramientas de Pathway Analysis
Uso recomendado: Para cuantificar e identificar proteínas de interés en muestras complejas mediante un análisis label-free.
Encabezado de características
Haga más con un análisis label-free
El análisis LC-MS label-free proporciona a los usuarios una gran cantidad de ventajas en comparación con las técnicas que usan marcado, entre las que se incluyen las siguientes:
- Menor carga de proteínas
- Sin costes de reactivos de marcado
- Menor fraccionamiento y manipulación de muestras
- Mayor cobertura de secuencia por proteína
- Mayor cobertura proteómica global
- Capacidad de comparar más condiciones en un mismo experimento
Mantenga la eficacia estadística en su análisis sin sacrificar datos
El enfoque de cuantificar e identificar que utiliza Progenesis QI para proteómica le permite alinear automáticamente las características de cada muestra y crear un mapa global in-silico que contenga cada péptido de la secuencia de muestras completa. Este mapa global se utiliza para detectar y cuantificar sistemáticamente características en todas las muestras y crear una matriz de datos sin que falten valores, independientemente del número de muestras o réplicas, lo que permite mantener la eficacia estadística en el análisis sin sacrificar datos potencialmente importantes o la necesidad de imputación.
Evalúe la calidad de los datos de entrada de LC-MS con métricas de control de calidad
El objetivo de las herramientas métricas de control de calidad (QC Metrics) es evitar que malgaste un tiempo valioso realizando análisis con datos no óptimos de LC-MS; incluyen lecturas como la anchura de pico de LC, el rango dinámico característico, el error de masa del precursor, el recuento de las fragmentaciones que faltan y el recuento de péptidos por proteína. Además, estas herramientas métricas de control de calidad se pueden utilizar también como guía para la resolución de problemas y la optimización de procesos.
Cuantificación fiable basada en péptidos únicos y abundancia de iones
Progenesis QI para proteómica cuantifica los péptidos en función de la abundancia de iones y permite utilizar un estándar interno adicionado y métricas de “HiN” que el usuario puede seleccionar para calcular la abundancia absoluta.
Además, Progenesis QI para proteómica combina automáticamente la identificación y la cuantificación de iones peptídicos proveniente de los resultados de búsqueda y, si se desea, permite la cuantificación de proteínas basada solamente en péptidos únicos.
Identificación de proteínas con varios motores de búsqueda de bases de datos
Progenesis QI para proteómica es sumamente flexible, dado que puede utilizarse para buscar datos DIA y DDA mediante diversos motores de búsqueda que el usuario puede seleccionar. Los datos provenientes de varias búsquedas también pueden combinarse en un único experimento. Además, si es necesario, el software se puede suministrar con ProteinLynx Global Server (PLGS), que facilita el análisis de los datos MSE, HDMSE, DDA y HD-DDA de Waters.
Flujo de trabajo guiado para el procesamiento de datos
El flujo de trabajo guiado por menús de Progenesis QI para proteómica le guía a través de los pasos experimentales del software. Si es necesario, las rutinas de automatización le permiten avanzar sin dificultad por las diferentes etapas para maximizar las posibilidades de procesamiento de datos sin supervisión durante la noche y el fin de semana.
- Importación de datos
- Selección y alineación automáticas del análisis de referencia
- Normalización y selección automáticas de picos
- Cuantificación automática de proteínas
- Búsqueda en la base de datos de proteínas
Entienda las diferencias de proteínas con Pathway Analysis
¿Cómo podemos entender las diferencias encontradas en las proteínas de nuestros experimentos? Una opción consiste en utilizar Pathway Analysis, que determina qué vías biológicas están implicadas en los datos y, de esta forma, proporciona un nivel de información superior para la contextualización biológica. El método más eficaz es utilizar Progenesis QI para proteómica, que incluye herramientas de exportación que interactúan fácil y rápidamente con los programas de Pathway Analysis de terceros, identificando de forma eficaz las diferencias de proteínas en los experimentos.
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