Progenesis QI per la Proteomica
Rivelazione di proteine soggette a variazioni nei campioni
Quantificate e identificate le proteine nei campioni complessi sfruttando i vantaggi dell’analisi senza marcatura con Progenesis QI per la proteomica. Grazie a un workflow guidato ad alto contenuto visivo, Progenesis QI per la proteomica di Waters e Nonlinear Dynamics permette la rivelazione rapida, obiettiva e affidabile di proteine di interesse da campioni singoli o frazionati utilizzando design sperimentali multi-gruppo.
Oltre alla convenzionale analisi di acquisizione dipendente dai dati (DDA), Progenesis QI per la proteomica supporta anche le analisi dei dati di acquisizione indipendenti dai dati (DIA) Waters MSE e HDMSE. Unico nel suo genere, il software sfrutta un'ulteriore dimensione di risoluzione offerta da separazioni per mobilità ionica per migliorare l’accuratezza e la precisione di identificazione e quantificazione. Progenesis QI per la Proteomica è indipendente dalla piattaforma strumentale e supporta formati universali quali .mzML e .mzXML.
Progenesis QI per la Proteomica
Panoramica
- Valutazione della qualità dei dati LC-MS con le metriche del controllo di qualità (QC)
- Selezione dei picchi coerente in tutte le analisi, fondamentale per una quantificazione accurata e precisa, grazie al nostro approccio unico alla co-rivelazione degli ioni peptidici
- Utilizzo di 1D e 2D-LC senza restrizioni sul numero di gruppi, campioni e progetti sperimentali confrontabili all'interno dell'analisi
- Statistiche multivariate affidabili con una matrice di dati completa senza valori mancanti
- Possibilità di eseguire query nei database utilizzando motori di ricerca comuni per combinare automaticamente le identificazioni dei dati di quantificazione dei peptidi e degli ioni peptidici
- Tre dimensioni di risoluzione con piena compatibilità con la mobilità ionica
- Funzionalità avanzate di visualizzazione dei dati e workflow guidato per le analisi DDA e di acquisizione indipendente dai dati (DIA), inclusa la modalità di acquisizione SONAR
- Comprensione biologica agevolata delle scoperte con una facile esportazione negli strumenti di Pathway Analysis.
Uso Consigliato: per quantificare e identificare le proteine di interesse in campioni complessi utilizzando analisi senza marcatura.
Caratteristiche
Più operazioni grazie a un’analisi più rapida
L’analisi LC-MS senza marcatura offre un’ampia gamma di vantaggi rispetto ad altre tecniche, tra cui:
- Minor caricamento di proteine
- Nessun costo per i reagenti per la marcatura
- Riduzione del frazionamento e della manipolazione dei campioni
- Ampliamento della copertura della sequenza per proteina
- Ampliamento della copertura complessiva del proteoma
- Possibilità di confronto di più condizioni in un unico esperimento
Potenza statistica costante nelle analisi senza sacrificare i dati
L'approccio “prima la quantificazione poi l’identificazione” adottato da Progenesis QI per la proteomica consente di allineare automaticamente le proprietà in ciascun campione e di creare una mappa aggregati in silico che include ciascun peptide in una sequenza di campioni completa. Questa mappa aggregata viene utilizzata per rivelare e quantificare in modo coerente le caratteristiche di tutti i campioni e creare una matrice di dati senza valori mancanti, indipendentemente dal numero di campioni o di repliche, consentendo il mantenimento della potenza statistica nell’analisi senza sacrificare dati potenzialmente importanti o la necessità di imputazione.
Valutate la qualità dei dati di input LC-MS con le metriche QC
Gli strumenti metrici di QC evitano di sprecare tempo prezioso ad eseguire analisi su dati LC-MS non ottimali e includono indicazioni come l'ampiezza del picco LC, funzionalità dell’intervallo dinamico, errore di massa del precursore, conta dei clivaggi non riusciti e dei peptidi per proteina. Inoltre, gli strumenti metrici QC possono essere utilizzati per guidare l’ottimizzazione dei processi e la risoluzione dei problemi.
Quantificazione affidabile basata su peptidi unici e abbondanza ionica
Progenesis QI per la proteomica quantifica i peptidi in base all'abbondanza ionica e offre la semplicità di utilizzare uno standard interno addizionato e metriche “HiN” selezionabili dall’utilizzatore per la stima dell’abbondanza assoluta.
Progenesis QI per la proteomica inoltre combina automaticamente quantificazione e identificazione degli ioni peptidici dai risultati della ricerca e se lo si desidera consente la quantificazione di proteine basate su peptidi unici.
Identificazione di proteine tramite l’utilizzo di diversi motori di ricerca e database
Progenesis QI per la proteomica è altamente flessibile in quanto può essere utilizzato per ricercare dati DIA e DDA utilizzando un’ampia gamma di motori di ricerca selezionabili dall'utilizzatore. I dati provenienti da più ricerche possono inoltre essere combinati in un unico esperimento. Se necessario, il software può essere integrato con ProteinLynx Global Server (PLGS) facilitando in questo modo l'analisi dei dati MSE, HDMSE, DDA e HD-DDA di Waters.
Workflow guidato per l’elaborazione dei dati
Il workflow basato sul menu di Progenesis QI per la proteomica assiste gli utilizzatori nelle fasi sperimentali all’interno del software. Se necessario, la routine di automazione consente di muoversi in maniera ottimale attraverso le diverse fasi per massimizzare le opportunità di processamento non supervisionato dei dati durante le ore notturne e nel fine settimana.
- Importazione dati
- Selezione e allineamento automatici dell'analisi di riferimento
- Selezione e normalizzazione automatiche dei picchi
- Quantificazione automatica di proteine
- Ricerca di proteine nei database
Comprendere le differenze proteiche con Pathway Analysis
Come è possibile determinare le differenti proteine negli esperimenti? Un’opzione è quella di utilizzare la funzionalità Pathway Analysis, che determina quali percorsi biologici sono presenti nei dati e pertanto fornisce un livello superiore di informazioni per la contestualizzazione biologica. Il metodo più efficiente consiste nell’utilizzare Progenesis QI per la proteomica, che dispone di strumenti di esportazione che si interfacciano facilmente e rapidamente con programmi di analisi dei percorsi di terzi, identificando in modo efficiente le differenze proteiche negli esperimenti.
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