Approches pratiques sur la purification des peptides

Répartiteur actif

Dispositif utilisé pour gérer le signal du détecteur MS en échantillonnant le flux préparatif avec un rapport de répartition défini, programmé par l’utilisateur. L’échantillon est dilué dans un solvant d’appoint avant d’être transmis aux détecteurs.

Technique « at-column dilution »

Technique d’injection brevetée qui augmente la capacité de charge, améliore la résolution, augmente la durée de vie de la colonne et améliore la robustesse du système LC en diluant l’échantillon dans un solvant fort au niveau de la tête de la colonne.

Masse moyenne

 Masse d’un ion ou d’une molécule pondérée en fonction de sa composition isotopique.

Données centroïdes

Les données continues sont traitées de sorte à afficher un seul point de données centré pour chaque distribution d’ions dans un spectre de masse, et sont affichées sous forme de bâtonnets dans le spectre de masse.

État de charge

Les spectromètres de masse fonctionnent sur la base du rapport masse/charge (m/z), où z est défini comme l’état de charge. Il est calculé en divisant 1 Da, la différence de masse théorique entre les isotopes, par la différence de masse réelle d’une molécule entre les isotopes.
m/z d’un ion monochargé = (M+H)/1
m/z d’un ion doublement chargé = (M+2H)/2
m/z d’un ion à n charges = (M+nH)/n
Les pics d’isotopes des ions n-chargés sont séparés par 1/n Da (par ex. : les pics d’isotopes des ions doublement chargés sont séparés par 0,5 Da). La charge multiple étend la plage de masse du spectromètre de masse.

Chromophore

Groupe moléculaire qui absorbe la lumière à une fréquence donnée.

Volume de colonne

Volume à l’intérieur du corps de la colonne.

Données continues

Profil complet de la distribution de tous les signaux présents dans un spectre de masse.

Clivage

Retrait du peptide de la résine lors de la synthèse de peptides en phase solide.

Volume de retard

Volume compris entre le point de mélange du gradient et la tête de colonne dans un système chromatographique.

Déprotection

Élimination des groupes protecteurs des chaînes latérales d’acides aminés. Désigne également l’élimination des groupes protecteurs des peptides N-terminaux dans la synthèse peptidique en phase solide.

Volume mort

Synonyme de volume du système.

Électrospray

Technique d’ionisation à pression atmosphérique qui produit très peu de fragmentation et qui est utile pour l’analyse de composés polaires et de biomolécules.

Gradient ciblé

Gradient qui cible uniquement le produit en augmentant rapidement la force du solvant entre la faible concentration utilisée lors du chargement de l’échantillon et à environ 5 % en dessous du point d’élution attendu pour le pic du produit. Pour les peptides, il est conseillé d’appliquer une pente de 0,25–0,33 % de variation par volume de colonne sur le segment ciblé du gradient. Une fois le peptide élué, la colonne est lavée avec un pourcentage élevé de solvant organique, puis rééquilibrée aux conditions initiales.

Indice HPLC

Prédit le pourcentage d’acétonitrile nécessaire pour éluer le peptide dans une colonne C₁₈ µBondapak en utilisant comme système tampon un mélange TFA:eau:acétonitrile, comme décrit par Browne, Bennet et Solomon.

Hydrophobe

Peu soluble, miscible et mouillable à l’eau.

Chromatographie par échange d’ions

Séparation des composés à l’aide de colonnes dont la surface est greffée d’une fonction chargée.

Ionisation

Processus par lequel une molécule se charge électriquement en gagnant ou en perdant des électrons.

Isocratique

Chromatographie dans laquelle la composition de la phase mobile reste constante pendant toute la séparation.

Gradient linéaire

Méthode chromatographique dans laquelle la composition de la phase mobile change sur une période définie.

Chargement

Quantité de composé pouvant être appliquée sur une colonne de dimensions données.

Solvant d’appoint

Solvant utilisé pour diluer et transférer les fractions d’échantillon depuis le flux de préparation vers les détecteurs dans un système de purification assistée par la détection de masse.

Capacité de charge

Charge massique ; directement proportionnelle au volume de la colonne.

Phase mobile

Solvants utilisés pour éluer les composés d’une colonne.

Modificateur de phase mobile

Additifs mélangés aux solvants chromatographiques pour améliorer la séparation.

Masse monoisotopique

Masse calculée à partir des isotopes les plus abondants de chaque élément de la molécule.

Répartiteur passif

Dispositif utilisé pour échantillonner en continu le flux de préparation avec un rapport de répartition défini ; gère le signal du détecteur dans le cadre d’une purification assistée par la détection de masse.

Résolution

Largeur de deux pics par rapport à leur distance.

Chromatographie en phase inverse

Type de méthode de séparation dans laquelle la phase mobile est plus polaire que la phase stationnaire. Les composés sont séparés en fonction de leur interaction avec la phase stationnaire apolaire.

Mise à l’échelle

Maintien d’une séparation lors du transfert d’une petite colonne à une grande colonne ou vice versa.

Gradient segmenté

Méthode chromatographique qui maintient la pente avant et après une partie ciblée du gradient en pente plus douce, préservant ainsi le profil chromatographique de ces parties de la séparation.

Gradient en pente douce

Méthode de séparation dans laquelle la vitesse de variation de la concentration en solvant organique par volume de colonne est faible.

Groupe protecteur de chaîne latérale

Molécules organiques attachées aux chaînes latérales d’acides aminés pour empêcher les chaînes latérales de réagir avec d’autres molécules pendant la synthèse peptidique.

Silanol

Groupe chimique situé sur la phase stationnaire de la colonne à support en silice, disponible pour interagir avec l’échantillon.

Chromatographie d’exclusion stérique

Séparation des composés en fonction de leur taille en solution.

Pente

Vitesse de variation de la composition de solvant organique par volume de colonne pendant une séparation en gradient.

Synthèse de peptide en phase solide

Processus par lequel un peptide est construit en ajoutant séquentiellement des acides aminés à une chaîne croissante, le premier acide aminé C-terminal étant lié à un support solide.

Synthèse de peptide en solution

Processus par lequel des peptides sont préparés en solution par des réactions de synthèse organiques. De courts segments peptidiques peuvent être condensés ensemble pour former de longues séquences peptidiques.

Rapport de répartition

Quantité de matière « retirée » et diluée en continu du flux d’échantillons avant son transfert vers les détecteurs pendant la purification assistée par la détection de masse.

Volume du système

Synonyme de « volume de retard » et « volume mort ».