Progenesis QI for Proteomics
Repérez les protéines qui varient dans vos échantillons
Quantifiez et identifiez les protéines dans vos échantillons complexes en profitant des avantages de l’analyse sans marquage avec Progenesis QI for Proteomics. Organisé autour d’une procédure définie hautement visuelle, le logiciel Progenesis QI for Proteomics de Waters et Nonlinear Dynamics vous permet de repérer rapidement, objectivement et en toute fiabilité vos protéines d’intérêt à partir d’un seul échantillon ou de plusieurs échantillons fractionnés grâce à des conceptions expérimentales multi groupes.
Outre l’analyse dépendante des données (DDA) classique, Progenesis QI for Proteomics prend également en charge l’analyse des données issues de l’acquisition indépendante des données (DIA) MSE et HDMSE de Waters. Par ailleurs, le logiciel exploite comme nul autre la dimension de résolution supplémentaire offerte par les séparations en mobilité ionique afin d’améliorer l’exactitude et la fidélité de l’identification et de la quantification. Le logiciel Progenesis QI for Proteomics est une plateforme indépendante qui prend en charge les formats universels tels que .mzML et .mzXML.
Progenesis QI for Proteomics
Présentation
- Évaluez la qualité de vos données LC/MS grâce aux indicateurs de contrôle qualité (QC)
- Grâce à notre approche unique de la co-détection des ions peptidiques, bénéficiez d’une sélection cohérente des pics pour toutes les analyses, élément crucial d’une quantification exacte et fidèle
- Utilisez la chromatographie en phase liquide 1D et 2D sans restriction quant au nombre de groupes, d’échantillons et de conceptions expérimentales comparables dans le cadre de votre analyse
- Disposez de statistiques multivariées fiables grâce à une matrice de données complète, sans valeur manquante
- Interrogez les bases de données au moyen de moteurs de recherche courants, afin de combiner automatiquement les identifications issues des données de quantification des peptides et des ions peptidiques
- Accédez à trois dimensions de résolution avec une compatibilité totale en mobilité ionique
- Travaillez avec une représentation visuelle claire des données et une procédure guidée pour les analyses d’acquisition dépendante des données (DDA) et d’acquisition indépendante des données (DIA), y compris en mode d’acquisition SONAR
- Favorisez la compréhension biologique des découvertes grâce à une exportation facile vers les outils d’analyse des voies biologiques
Utilisation recommandée : quantification et identification des protéines d’intérêt dans les échantillons complexes en utilisant l’analyse sans marquage.
En-tête des fonctionnalités
Soyez plus productif grâce à l’analyse sans marquage
L’analyse LC/MS sans marquage offre aux utilisateurs un large éventail d’avantages par rapport aux techniques de marquage, notamment :
- Quantité réduite de protéines requise pour l’analyse
- Aucun coût lié aux réactifs de marquage
- Réduction du fractionnement et de la manipulation des échantillons
- Couverture de séquences supérieure par protéine
- Couverture protéomique globale supérieure
- Comparaison d’un plus grand nombre de conditions au sein d’une même expérience
Conservez la puissance statistique de votre analyse sans délaisser des données
L’approche « quantification puis identification » du logiciel Progenesis QI for Proteomics vous permet d’aligner automatiquement les caractéristiques de chaque échantillon et de générer une carte de type agrégat in silico contenant tous les peptides de l’intégralité de la liste d’échantillons. Cette carte de type agrégat est utilisée pour détecter et quantifier de manière cohérente les caractéristiques dans l’ensemble des échantillons, et pour créer une matrice de données dépourvue de valeurs manquantes, quel que soit le nombre d’échantillons ou de réplicats, ce qui permet de conserver la puissance statistique de l’analyse sans avoir à imputer ou à délaisser des données potentiellement importantes.
Évaluez la qualité des données d’entrée LC/MS grâce aux indicateurs de contrôle qualité (QC)
Les outils d’indication de contrôle qualité (QC) vous permettent d’économiser un temps précieux lors de l’analyse de données LC/MS non optimales et affichent différents éléments, comme la largeur du pic chromatographique, la gamme dynamique de caractéristiques, les erreurs relatives à la masse de l’ion précurseur, le nombre de clivages manqués et la quantité de peptides par protéine. De surcroît, ces outils peuvent également être utilisés afin de guider le diagnostic et l’optimisation des procédés.
Quantification fiable basée uniquement sur l’abondance des peptides et des ions
Progenesis QI for Proteomics quantifie les peptides en fonction de l’abondance des ions et offre la possibilité d’utiliser un étalon interne enrichi et des indicateurs « HiN » sélectionnables par l’utilisateur pour estimer l’abondance absolue.
De plus, le logiciel Progenesis QI for Proteomics associe automatiquement la quantification des ions peptidiques et leur identification à partir des résultats de recherche et, si nécessaire, il permet la quantification des protéines fondée uniquement sur les peptides.
Identification des protéines grâce aux bases de données de différents moteurs de recherche
Le logiciel Progenesis QI for Proteomics se révèle particulièrement souple. En effet, il permet de rechercher les données tant DIA que DDA grâce à une variété de moteurs de recherche sélectionnés par l’utilisateur. Les données résultant de différentes recherches peuvent également être combinées en une seule expérience. De plus, si nécessaire, le logiciel peut être équipé de ProteinLynx Global SERVER (PLGS), qui facilite l’analyse des données MSE, HDMSE, DDA et HD-DDA de Waters.
Méthodologie de traitement des données
Grâce à ses menus interactifs, la méthodologie du logiciel Progenesis QI for Proteomics vous guide à travers les étapes expérimentales du logiciel. Si nécessaire, l’automatisation des tâches vous permet de parcourir sans encombre les différentes étapes afin de multiplier les possibilités de traitement sans surveillance des données pendant la nuit ou le week-end.
- Importation des données
- Sélection et alignement automatiques de l’analyse de référence
- Normalisation et sélection automatiques des pics
- Quantification automatique des protéines
- Recherche dans la base de données de protéines
Compréhension des différences entre les protéines grâce à l’analyse des voies biologiques
Comment comprenons-nous les différences de protéines de nos expériences ? Une option consiste à utiliser l’analyse des voies biologiques, qui détermine quelles voies biologiques sont impliquées dans les données et fournit ensuite le prochain niveau d’information pour la contextualisation biologique. La méthode la plus efficace consiste à utiliser Progenesis QI for Proteomics, qui dispose d’outils d’exportation permettant d’établir facilement et rapidement une interface avec des programmes tiers d’analyse des voies biologiques, de façon à identifier efficacement les différences de protéines au cours des expériences.
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