Progenesis QI para Proteômica
Descubra as proteínas com mudanças em suas amostras
Quantifique e identifique proteínas em suas amostras complexas aproveitando as vantagens da análise label-free com o Progenesis QI para Proteômica. Com uma rotina de trabalho orientada altamente visual, o Progenesis QI para Proteômica da Waters e da Nonlinear Dynamics permite a descoberta rápida, objetiva e confiável de proteínas de interesse a partir de amostras únicas ou fracionadas utilizando designs experimentais de vários grupos.
Juntamente com a análise dependente de dados (DDA, data-dependent analysis) convencional, o Progenesis QI para Proteômica também é compatível com a análise de dados de aquisição independente de dados (DIA, data-independent acquisition) MSE e HDMSE da Waters. O software também aproveita, de modo exclusivo, a dimensão de resolução adicional proporcionada pelas separações de mobilidade iônica para aprimorar a exatidão e a precisão da identificação e da quantificação. O Progenesis QI para Proteômica não depende de plataformas de equipamentos e é compatível com formatos universais, como .mzML e .mzXML.
Progenesis QI para Proteômica
Visão geral
- Avalie a qualidade dos dados de LC-MS com métricas de controle de qualidade (CQ)
- Obtenha detecção de picos consistente em todas as corridas, vital para uma quantificação exata e precisa, utilizando a nossa exclusiva abordagem de codetecção de íons de peptídeos
- Utilize LC 1D e 2D sem restrições de número de grupos, amostras e designs experimentais que podem ser comparados na análise
- Obtenha estatísticas multivariadas confiáveis com uma matriz de dados completa e nenhum valor ausente
- Consulte bancos de dados utilizando mecanismos de pesquisa comuns para combinar automaticamente identificações de dados de quantificação de peptídeos e de íons de peptídeos
- Atinja três dimensões de resolução com compatibilidade total de mobilidade iônica
- Trabalhe com visualização de dados poderosa e rotina de trabalho orientada para análises de DDA e de aquisição independente de dados (DIA, data-independent acquisition), incluindo o modo de aquisição SONAR
- Auxilie na compreensão biológica das descobertas com as ferramentas de fácil exportação para Análise de rotas metabólicas
Utilização recomendada: Para quantificar e identificar proteínas de interesse em amostras complexas utilizando análise label-free.
Cabeçalho de recursos
Obtenha mais resultados com a análise label-free
A análise LC‑MS label-free proporciona aos usuários uma vasta gama de benefícios quando comparada a técnicas com marcação, incluindo:
- Carregamento reduzido de proteínas
- Ausência de custos de reagentes de marcação
- Redução do fracionamento e do manuseio de amostras
- Maior cobertura de sequências de proteínas
- Maior cobertura geral de proteomas
- Capacidade de comparar mais condições em um único experimento
Mantenha o poder estatístico da análise sem sacrifício de dados
A abordagem "quantificar e identificar" utilizada pelo Progenesis QI para Proteômica permite alinhar automaticamente as características em cada amostra e criar um mapa agregado in-silico que contenha todos os peptídeos no conjunto de amostras completo. Esse mapa agregado é utilizado para detectar e quantificar características de modo consistente em todas as amostras e criar uma matriz de dados sem valores ausentes, independentemente do número de amostras ou replicatas, permitindo a manutenção do poder estatístico na análise sem sacrificar dados potencialmente importantes ou a necessidade de imputação.
Avalie a qualidade dos dados de entrada de LC-MS com métricas de CQ
As ferramentas de métricas de CQ buscam evitar desperdício de tempo valioso realizando análises em dados não ideais de LC-MS e incluem leituras como largura do pico de LC, intervalo dinâmico de características, erros de massa de precursor, contagem de clivagens ausentes e contagem de peptídeos por proteína. Além disso, essas ferramentas de métricas de CQ podem também ser utilizadas para orientar a otimização de processos e a solução de problemas.
Quantificação confiável com base em peptídeos únicos e abundância de íons
O Progenesis QI para Proteômica quantifica peptídeos com base na abundância de íons e oferece a facilidade de utilizar um padrão interno fortificado e métricas "HiN" selecionáveis pelo usuário para estimar a abundância absoluta.
O Progenesis QI para Proteômica também combina automaticamente a quantificação e a identificação de íons de peptídeos a partir de resultados de pesquisa e, se desejado, permite a quantificação de proteínas com base somente em peptídeos únicos.
Identificação de proteínas utilizando vários mecanismos de pesquisa em banco de dados
O Progenesis QI para Proteômica é altamente flexível, podendo ser utilizado para pesquisar dados de DIA e de DDA, utilizando uma variedade de mecanismos de pesquisa selecionáveis pelo usuário. Dados de várias pesquisas também podem ser combinados em um único experimento. Além disso, se necessário, o software pode ser fornecido com o ProteinLynx Global Server (PLGS), facilitando a análise de dados de MSE, HDMSE, DDA e HD-DDA da Waters.
Rotina de trabalho orientada de processamento de dados
A rotina de trabalho guiada por menus do Progenesis QI para Proteômica ajuda a orientar os usuários durante as etapas experimentais no software. Se necessário, as rotinas de trabalho automatizadas permitem transitar por vários estágios com facilidade para maximizar as oportunidades de processamento de dados sem supervisão durante a noite ou finais de semana.
- Importação de dados
- Seleção e alinhamento automáticos de corridas de referência
- Detecção e normalização automáticas de picos
- Quantificação automática de proteínas
- Pesquisa em bancos de dados de proteínas
Entenda as diferenças de proteínas com a Análise de rotas metabólicas
Como entender as diferenças de proteínas em nossos experimentos? Uma opção é utilizar a Análise de rotas metabólicas, que determina quais rotas biológicas estão envolvidas nos dados e, assim, fornece o próximo nível de informação para contextualização biológica. O método mais eficiente é utilizar o Progenesis QI para Proteômica, que tem ferramentas de exportação que interagem de forma fácil e rápida com programas de Análise de rotas metabólicas de terceiros, identificando com eficiência as diferenças de proteínas nos experimentos.
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