¿Necesita mejorar la puntuación de la base de datos para la metabolómica LC/MS? Pruebe las columnas ACQUITY Premier.

Después de otra asignación errónea, supe que tenía que haber una forma mejor de mejorar la correspondencia de mi base de datos. El cotejo de bibliotecas espectrales es un componente integral del flujo de trabajo de los análisis de espectrometría de masas no dirigidos o de alta resolución, como la metabolómica de la orina o el plasma. La comparación de las muestras que no están afectadas por la enfermedad y las que sí lo están puede dar una idea de las posibles vías biológicas que son importantes en la progresión de la enfermedad. De este modo, los científicos pueden centrarse en estas áreas para posibles nuevas terapias y/o pruebas de diagnóstico. Sin embargo, para identificar estos metabolitos, sometemos nuestros datos a búsquedas en bases de datos. Existen varias bases de datos comerciales que se pueden adquirir; algunas con espectros curados y otras con estructuras sujetas a fragmentación teórica dentro del software. Un factor importante en el cotejo de bibliotecas es la calidad de los datos que se cotejan de su análisis. Muy pocos o demasiados picos en relación con la referencia pueden afectar negativamente a su puntuación. La implicación de asignaciones incorrectas significa que podría estar ladrando al árbol equivocado y perder una pista crítica.

Veamos el ácido cítrico. Está presente en las células como parte del ciclo del ácido tricarboxílico (TCA). El ácido cítrico es bien conocido por interactuar con los metales, sobre todo con el hierro. La presencia de hierro en el sistema puede ser problemática al provocar la pérdida de analito o aductos en el espectro de masas. Con las columnas ACQUITY PREMIER, podemos mitigar la interacción de estos compuestos con los metales. La figura 1 muestra los espectros de alta energía (o de fragmentación) del ácido cítrico de una muestra de orina humana diluida analizada en una columna con hardware estándar (arriba), y una con hardware ACQUITY Premier Column (abajo). Inmediatamente vemos la diferencia en los espectros, donde la columna ACQUITY Premier presenta un espectro más limpio y menos complicado. En particular, vemos mucho menos del complejo conocido Fe-Citrato, 435,9 m/z [1], utilizando la columna Acuity Premier. Esto se traduce en mayores puntuaciones de fragmentación cuando se busca en una biblioteca de espectros (Figura 2) y ciertamente facilita la vida en el laboratorio.

Los análisis que suponen un reto como éste hacen que no sea necesario cambiar a las columnas ACQUITY Premier.

Referencias:

Silva A et al. Dalton Transactions. 2009(40), 8616-8625

O:

Recursos adicionales:

Vídeo: Solución ACQUITY Premier con MaxPeak High Performance Surfaces (HPS) - Cómo funciona

Blog: Abordar el misterio de la pérdida de muestras

Blog: Necesidad de un poco de alivio del ácido polar de fase invertida

Blog: Las noches en el laboratorio

Blog: ¿Dónde ha ido mi muestra?

Más información sobre las columnas ACQUITY Premier